Niklaus von Flüe wurde 1417 im Flüeli, Obwalden geboren. Von 1440 bis 1444 nahm er als Offizier am Alten Zürichkrieg teil. Nach dem Krieg heiratete er Dorothee Wyss, mit der er zehn Kinder hatte. Er war Bergbauer und Analphabet, aber doch ein recht wohlhabender und viel geachteter Mann; auch Ratsherr im Kanton Obwalden und Richter in seiner Gemeinde. Trotzdem empfand er das Leben und die Familie mehr und mehr als Last und es scheint, dass er zeitweise an Depressionen litt.
Im Alter von 50 Jahren verliess Niklaus seine Familie. Gut zwei Jahre sollen er und Dorothee um diesen Entscheid gerungen haben. Ohne das Einverständnis seiner Frau wäre er nicht auf seine Gottessuche und Pilgerreise gegangen. Beim Abschied sah es so aus, als ob die Familie ihn nie mehr sehen würde. Er pilgerte zunächst Richtung Elsass. Aber auf seiner Wanderung hatte er – oberhalb von Liestal – eine apokalyptische Vision, die ihn tief erschütterte. Ein Bauer, der ihn fand, riet ihm, umzukehren. Zurück in seiner Heimat liess sich er sich in der Ranftschlucht, nur wenige Minuten von seinem Haus, als Einsiedler nieder.
In seiner Klause führte er als Bruder Klaus ein intensives Gebetsleben. Nach der Überlieferung soll er täglich diese Verse gebetet haben:
Mein Herr und mein Gott,
nimm alles von mir,
was mich hindert zu dir.
Mein Herr und mein Gott,
gib alles mir, was mich führet zu dir.
Mein Herr und mein Gott,
nimm mich mir
und gib mich ganz zu eigen dir.
Immer wieder wurde er von intensiven Visionen heimgesucht. Angeblich nahm er in den letzten 19 Jahren seines Lebens keine Nahrung mehr zu sich. Er trank lediglich Wasser. Dies bestätigte der zuständige Bischof nach einer Untersuchung.
Der Einsiedler, Mystiker und Asket erlangte weitherum Bekanntheit als Seelsorger und geistlicher Berater nicht allein für die Landbevölkerung, sondern auch als Ratgeber für Politiker und ausländische Staatsoberhäupter. Er beobachtete und kommentierte weltliche Dinge und politische Ereignisse aus einer weisen Weltdistanz.
Auf penetrante Fragen soll er Besuchern oft mit einem einsilbigen und doch vielsagenden „Gott weiss“ geantwortet haben. Er riet, man solle in persönlichen wie auch in politischen Dingen „einander gehorsam sein“, kritisierte die verbreitete Rechthaberei und empfahl – um des Friedens willen – auf Rechtshändel zu verzichten. Darum wurde er auch schon bald als Friedensstifter verehrt.
Sein vermittelnder Einfluss soll auch wesentlich dazu beigetragen haben, dass die alte Eidgenossenschaft in der grössten Krise seit ihrer Gründung, anlässlich der Tagsatzung im Jahr 1481 in Stans, nicht auseinandergebrochen ist.
Am 21. März 1487 starb Bruder Klaus nach hartem Todeskampf auf dem Boden seiner Zelle. Am 15. Mai 1947 erfolgte seine Heiligsprechung durch Papst Pius XII.